El Consejo para la Transparencia ha declarado como uno de sus pilares fundamentales de su proceso de construcción institucional, el establecimiento de un sistema de gestión de calidad en base a las normas ISO 9000, que permita, a través de su cadena de valor, la mejora en los niveles de satisfacción de sus ciudadanos, en pro del ejercicio de sus derechos fundamentales en materia de derecho de acceso a la información pública.
Los desafíos impuestos en esta materia, significan orientar el trabajo cotidiano a la escucha activa de la ciudadanía y fortalecer el equipo en función del reconocimiento del cliente interno y la confrontación de los procesos de soporte, su sentido y su vinculación con el negocio.
Para lograr el propósito expuesto, la institución ha diseñado una estrategia escalonada de desarrollo, que busca incorporar anualmente distintos procesos institucionales a los estándares de trabajo del modelo ya mencionado e ir unificando las mejoras prácticas de trabajo en función de las mejoras continuas en sus procesos diarios, y el involucramiento de todo el personal con un papel significativo en su desarrollo.  De esta forma, se busca asegurar que las prestaciones cumplan con las expectativas de los clientes-ciudadanos, vistas como atributos de los productos y servicios.
Para apoyar el funcionamiento del sistema de gestión de calidad se ha desarrollado una base documental que permite visualizar las responsabilidades, procesos y especificaciones necesarios (críticos) para el desarrollo efectivo del sistema. Ello permite, además, que  el conocimiento permanezca y se desarrolle al interior de la organización.
Siguiendo la lógica de la Norma en ISO 9001:2008, el sistema de gestión de la calidad del CPLT contempla para la totalidad de sus procesos, los sistemas de soporte que apoyan el desarrollo y mantención del sistema. Estos se refieren a los procesos de: gestión de recursos a través del recurso humano e infraestructura.
Por último, desde la óptica del mejoramiento continuo, se encuentran implementados la totalidad de los procedimientos obligatorios, la internalización de los requisitos del cliente y su posterior medición y análisis de resultados, además de los procesos que miden a intervalos planificados el desempeño de la institución y el cumplimiento de sus objetivos estratégicos, esto último a cargo de los procesos de control de gestión.
En su primera etapa de desarrollo, el CPLT  definió como alcance de su sistema de gestión de calidad institucional, los siguientes procesos:

• Planificación y control de gestión :“Apoyo en la construcción de definiciones estratégicas, sus planes operativos e informes de gestión de la operación del Consejo”.

• Admisibilidad :“Recepción y análisis de admisibilidad de los casos, redacción de las decisiones de inadmisibilidad, de traslado y subsanaciones; y derivación al sistema de salidas alternativas de resolución de conflictos”.

• Atención de Consultas :“Recepción y respuesta de consultas recepcionadas a través de los canales web, presencial, telefónico y correo postal”.

• Gestión de Aplicaciones : “Gestión de requerimientos y construcción de aplicaciones”.

• Compras :“Identificación, planificación, ejecución y control del proceso de compras institucionales y evaluación del proveedor y productos comprados”.

Todos estos recibieron su debida certificación por parte de la empresa BVQI Bureau Veritas Certification. Raúl Ferrada, director general del CPLT, destacó la importancia de este hito como parte de un proceso de búsqueda de excelencia que el Consejo ha desarrollado desde su creación en 2009 y que irá avanzando en la medida de que se vayan incorporando nuevos procesos cada año.