Los organismos Comité Pro Defensa de la Flora y Fauna de Aysén y la Corporación Privada para el Desarrollo de Aysén presentaron al Consejo para la Transparencia ocho amparos distintos (C126-11, C151-11, C94-11, C109-11, C198-11, C122-11, C124-11 y C270-11) a raíz del solicitudes sobre el proyecto energético Hidroaysén presentadas ante la Gobernación de General Carrera, la Subsecretaría de Pesca, la Secretaría Regional Ministerial de Obras Públicas de Aysén, la Municipalidad de O´Higgins, la Corporación Nacional Forestal (Conaf) y el Servicio Agrícola y Ganadero (SAG). En las solicitudes —que fueron parcialmente rechazadas— se pidieron los mismos antecedentes: “La información (mail institucionales, memos, oficios, cartas, etc.) vinculada con la evaluación técnica del Segundo Adenda del Proyecto Hidroeléctrico Aysén, que fuera solicitada mediante ORD. N° 76, de 28 de octubre de 2010 por parte del Director Regional del Servicio de Evaluación Ambiental. Esto debe incluir en forma especial los informes de los profesionales técnicos y evaluadores, la citaciones a reuniones, las actas de tales reuniones y la comunicación formal con el nivel superior en Santiago relacionado con la materia (si procede) además de todos los antecedentes necesarios para la elaboración del pronunciamiento oficial de su servicio”.
Los amparos se fundaron en que la información entregada era incompleta, ya que no se remitieron los correos electrónicos y/o informes emitidos en forma previa y como antecedente de los pronunciamientos emitidos por cada organismo sobre el Proyecto Hidroeléctrico Aysén, señalándose que éstos se habían generado y discutido en reuniones informales y sin actas, de manera que el único documento existente era el pronunciamiento oficial, publicado en el sitio web del Servicio de Evaluación Ambiental (www.e-seia-cl).
Las decisiones del Consejo para la Transparencia fueron distintas en cada uno de los casos debido a las diferencias de los antecedentes existentes y las alegaciones de los organismos reclamados. En algunos se comprobó que existía información no entregada, como correos electrónicos, ordenándose su entrega (p. ej., decisión del  amparo C124-11), o que existían indicios a partir de los cuales era posible presumir la existencia de documentación interna por lo que se requirió entregarla o declarar formal y expresamente que no existían (como en la decisión del  amparo C126-11). Pero en la mayoría, el Consejo no pudo determinar la existencia de más información y rechazó los amparos. Sin embargo, el Consejo manifestó su preocupación porque se afirmara la inexistencia de antecedentes preliminares que consignaran las deliberaciones e información recabada por cada Servicio para pronunciarse y, aplicando la parte final del art. 33 d) de la Ley de Transparencia, les requirió que, en lo sucesivo, dejasen “…constancia aunque sea mínima, del procedimiento empleado y de los antecedentes efectivamente tenidos a la vista por la autoridad al emitir pronunciamientos o adoptar decisiones, máxime tratándose de pronunciamientos sobre asuntos de alta relevancia pública como la evaluación del impacto ambiental de un proyecto hidroeléctrico”.